Năm 1985, tại Thành phố Hải Phòng, Ủy ban nhân dân thành phố Hải Phòng phối hợp với Ủy ban Khoa học Xã hội Việt Nam tổ chức Hội thảo khoa học về Danh nhân văn hoá Nguyễn Bỉnh Khiêm nhân kỷ niệm 400 năm ngày mất của ông. Năm 1991, tại Thành phố Hồ Chí Minh, Viện Khoa học Xã hội Việt Nam và Sở Văn hoá Thông tin Thành phố Hồ Chí Minh đã tổ chức cuộc Hội thảo khoa học kỷ niệm 500 năm ngày sinh Nguyễn Bỉnh Khiêm với chủ đề "Nguyễn Bỉnh Khiêm trong sự phát triển văn hoá dân tộc".

Trên quê ngoại ông ở thôn Nam Tử, xã Kiến Thiết, huyện Tiên Lãng, Nguyễn Bỉnh Khiêm cũng được thờ cùng với mẹ Nhữ Thị Thục và ông ngoại Nhữ Văn Lan tại Từ đường họ Nhữ - Nguyễn trong quần thể di tích có lăng mộ của vợ chồng Tiến sĩ Thượng thư Nhữ Văn Lan cùng con gái Nhữ Thị Thục (mẹ của Trạng Trình). Văn miếu Mao Điền ở Hải Dương và Văn miếu Trấn Biên ở Đồng Nai đều có tượng và bài vị thờ Nguyễn Bỉnh Khiêm.

Đình làng Thanh Am (tên cũ là Hoa Am) thuộc phường Thượng Thanh, quận Long Biên, Hà Nội ngày nay, được xây dựng từ cuối thế kỷ XVI là nơi thờ Nguyễn Bỉnh Khiêm như một vị Thành hoàng của làng.

Tên của Nguyễn Bỉnh Khiêm đã được lấy đặt cho nhiều con đường, trường học. Tại Hải Phòng có một con phố mang tên Trạng Trình và con đường mang tên Nguyễn Bỉnh Khiêm. Tại Thành phố Hồ Chí Minh (Sài Gòn), đường Nguyễn Bỉnh Khiêm thuộc phường Bến Nghé, quận 1 (được đổi từ tên đường Angier vào năm 1955) là một trong những con đường lưu giữ nhiều giá trị lịch sử-văn hoá-kiến trúc bậc nhất của thành phố, bao gồm những công trình tiêu biểu như Thảo Cầm Viên Sài Gòn, Bảo tàng Lịch sử Việt Nam tại thành phố Hồ Chí Minh, Đền thờ các vua Hùng và Trường THPT công lập Trưng Vương.